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西辻 光希にしつじ こうき

プロフィール

教員画像

所属 海洋生物資源学部 先端増養殖科学科
職名 准教授
研究室 かつみキャンパス Faculty room (内線 0770-52-7305 (405))
E-mail nishitsuji (末尾に「@fpu.ac.jp」をつけてください)
ウェブサイト https://fpu-ocean-genomics-lab.studio.site/
最終学歴 兵庫県立大学大学院 生命理学研究科
学位 博士(理学)
所属学会 日本藻類学会
日本動物学会
日本発生生物学会
日本分子生物学会
日本サンゴ礁学会
日本植物学会
職歴 2009年4月 - 2012年3月 甲南大学 理工学部生物学科 発生学研究室 研究員
2012年4月 - 2014年3月 岡山大学 医歯薬学総合研究科 システム生理学 博士研究員
2014年4月 - 2015年3月 次世代天然物科学技術研究組合 研究開発部 特別研究員
2015年4月 - 2023年3月 沖縄科学技術大学院大学 マリンゲノミックスユニット 研究員

研究活動

専門 ゲノム科学、環境DNA、バイオインフォマティクス
研究活動の紹介
キーワード ゲノム、遺伝子、次世代シーケンス、海藻、モズク、サンゴ

著書・論文

原著論文
29.
Fish and coral assemblages of a highly isolated oceanic island: The first eDNA survey of the Ogasawara Islands.
Ayşe Haruka Oshima Açıkbaş, Haruhi Narisoko, Roger Huerlimann, Koki Nishitsuji, Noriyuki Satoh, James Davis Reimer, Timothy Ravasi
Environmental DNA 2024年2月
https://doi.org/10.1002/edn3.509

28.*
Possible monitoring of mesophotic scleractinian corals using an underwater mini-ROV to sample coral eDNA.
Koki Nishitsuji†, Shinichiro Nagahama†, Haruhi Narisoko†, Kazuo Shimada, Nobuhiro Okada, Yuki Shimizu, Noriyuki Satoh
Royal Society Open Science 2024年1月
https://doi.org/10.1098/rsos.221586

27.
In Vitro Phagocytosis of Different Dinoflagellate Species by Coral Cells.
Kaz Kawamura, Eiichi Shoguchi, Koki Nishitsuji, Satoko Sekida, Haruhi Narisoko, Hongwei Zhao, Yang Shu, Pengcheng Fu, Hiroshi Yamashita, Shigeki Fujiwara, Noriyuki Satoh
Zoological science 2023年12月
https://doi.org/10.2108/zs230045

26.
Transcriptomic evidence for Brachyury expression in the caudal tip region of adult Ptychodera flava (Hemichordata)
Asuka Arimoto, Koki Nishitsuji, Kanako Hisata, Noriyuki Satoh, Kuni Tagawa
Development, Growth, and Differentiation 2023年8月30日
https://doi.org/10.1111/dgd.12882

25.
A single-cell RNA-seq analysis of early larval cell-types of the starfish, Patiria pectinifera: Insights into evolution of the chordate body plan.
Hitoshi Tominaga, Koki Nishitsuji, Noriyuki Satoh
Developmental biology 2023年4月
https://doi.org/10.1016/j.ydbio.2023.01.009

24.*#
An environmental DNA metabarcoding survey reveals generic-level occurrence of scleractinian corals at reef slopes of Okinawa Island.
Koki Nishitsuji, Tomofumi Nagata, Haruhi Narisoko, Megumi Kanai, Kanako Hisata, Chuya Shinzato, Noriyuki Satoh
Proceedings. Biological sciences 2023年3月29日
https://doi.org/10.1098/rspb.2023.0026

23.*#
Development of DNA markers that distinguish male and female haploid germlings of the brown alga, Cladosiphon okamuranus<
Koki Nishitsuji, Yoshie Nishitsuji, Yoshitaka Yonashiro, Noriyuki Satoh
Phycological Research 2022年7月
https://doi.org/10.1111/pre.12489

22.
A single-cell RNA-seq analysis of Brachyury-expressing cell clusters suggests a morphogenesis-associated signal center of oral ectoderm in sea urchin embryos.
Noriyuki Satoh, Kanako Hisata, Stephany Foster, Shumpei Morita, Koki Nishitsuji, Nathalie Oulhen, Hitoshi Tominaga, Gary M Wessel
Developmental biology 2022年1月14日
https://doi.org/10.1016/j.ydbio.2022.01.005

21.
Novel Mitochondrial DNA Markers for Scleractinian Corals and Generic-Level Environmental DNA Metabarcoding
Chuya Shinzato, Haruhi Narisoko, Koki Nishitsuji, Tomofumi Nagata, Noriyuki Satoh, Jun Inoue
Frontiers in Marine Science 2021年11月30日
https://doi.org/10.3389/fmars.2021.758207

20.
Genome and transcriptome assemblies of the kuruma shrimp, Marsupenaeus japonicus
Satoshi Kawato, Koki Nishitsuji, Asuka Arimoto, Kanako Hisata, Mayumi Kawamitsu, Reiko Nozaki, Hidehiro Kondo, Chuya Shinzato, Tsuyoshi Ohira, Noriyuki Satoh, Eiichi Shoguchi, Ikuo Hirono
G3 Genes|Genomes|Genetics 2021年8月5日
https://doi.org/10.1093/g3journal/jkab268

19.
A Preliminary Single-Cell RNA-Seq Analysis of Embryonic Cells That Express Brachyury in the Amphioxus, Branchiostoma japonicum
Noriyuki Satoh, Hitoshi Tominaga, Masato Kiyomoto, Kanako Hisata, Jun Inoue, Koki Nishitsuji
Frontiers in Cell and Developmental Biology 2021年7月15日
https://doi.org/10.3389/fcell.2021.696875

18.
In vitro Symbiosis of Reef-Building Coral Cells With Photosynthetic Dinoflagellates
Kaz Kawamura, Satoko Sekida, Koki Nishitsuji, Eiichi Shoguchi, Kanako Hisata, Shigeki Fujiwara, Noriyuki Satoh
Frontiers in Marine Science 2021年7月14日
https://doi.org/10.3389/fmars.2021.706308

17.
Establishing Sustainable Cell Lines of a Coral, Acropora tenuis.
Kaz Kawamura, Koki Nishitsuji, Eiichi Shoguchi, Shigeki Fujiwara, Noriyuki Satoh
Marine biotechnology (New York, N.Y.)
2021年4月26日
https://doi.org/10.1007/s10126-021-10031-w

16.
Application of omics research in seaweeds with a focus on red seaweeds.
Zubaida P Patwary, Nicholas A Paul, Koki Nishitsuji, Alexandra H Campbell, Eiichi Shoguchi, Min Zhao, Scott F Cummins
Briefings in functional genomics 2021年4月23日
https://doi.org/10.1093/bfgp/elab023

15.
Integrated omics unveil the secondary metabolic landscape of a basal dinoflagellate.
Girish Beedessee, Takaaki Kubota, Asuka Arimoto, Koki Nishitsuji, Ross F Waller, Kanako Hisata, Shinichi Yamasaki, Noriyuki Satoh, Jun'ichi Kobayashi, Eiichi Shoguchi
BMC biology 2020年10月13日
https://doi.org/10.1186/s12915-020-00873-6

14.*#
Comparative genomics of four strains of the edible brown alga, Cladosiphon okamuranus.
Koki Nishitsuji, Asuka Arimoto, Yoshitaka Yonashiro, Kanako Hisata, Manabu Fujie, Mayumi Kawamitsu, Eiichi Shoguchi, Noriyuki Satoh
BMC genomics 2020年6月26日
https://doi.org/10.1186/s12864-020-06792-8

13.
Organelle inheritance and genome architecture variation in isogamous brown algae.
Ji Won Choi, Louis Graf, Akira F Peters, J Mark Cock, Koki Nishitsuji, Asuka Arimoto, Eiichi Shoguchi, Chikako Nagasato, Chang Geun Choi, Hwan Su Yoon
Scientific reports 2020年2月6日
https://doi.org/10.1038/s41598-020-58817-7

12.
The complete mitochondrial genome of the aquatic coralsnake Micrurus surinamensis (Reptilia, Serpentes, Elapidae).
Anita de Moura Pessoa, Rhewter Nunes, Mariana Pires de Campos Telles, Koki Nishitsuji, Kanako Hisata, Steven D Aird, Alexander S Mikheyev, Nelson Jorge da Silva Jr
Mitochondrial DNA. Part B, Resources 2019年12月13日
https://doi.org/10.1080/23802359.2019.1699460

11.
Differential gene expression in fronds and stolons of the siphonous macroalga, Caulerpa lentillifera.
Asuka Arimoto, Koki Nishitsuji, Haruhi Narisoko, Eiichi Shoguchi, Noriyuki Satoh
Development, growth & differentiation 2019年12月
https://doi.org/10.1111/dgd.12634

10.*
A siphonous macroalgal genome suggests convergent functions of homeobox genes in algae and land plants.
Asuka Arimoto, Koki Nishitsuji, Yoshimi Higa, Nana Arakaki, Kanako Hisata, Chuya Shinzato, Noriyuki Satoh, Eiichi Shoguchi
DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes 2019年4月1日
https://doi.org/10.1093/dnares/dsz002

9.*#
Draft genome of the brown alga, Nemacystus decipiens, Onna-1 strain: Fusion of genes involved in the sulfated fucan biosynthesis pathway.
Koki Nishitsuji, Arimoto A, Higa Y, Mekaru M, Kawamitsu M, Satoh N, Shoguchi E
Scientific reports 2019年3月
https://doi.org/10.1038/s41598-019-40955-2

8.
A draft genome of the striped catfish, Pangasianodon hypophthalmus, for comparative analysis of genes relevant to development and a resource for aquaculture improvement.
Oanh T P Kim, Phuong T Nguyen, Eiichi Shoguchi, Kanako Hisata, Thuy T B Vo, Jun Inoue, Chuya Shinzato, Binh T N Le, Koki Nishitsuji, Miyuki Kanda, Vu H Nguyen, Hai V Nong, Noriyuki Satoh
BMC genomics 2018年10月5日
https://doi.org/10.1186/s12864-018-5079-x

7.
Hox gene cluster of the ascidian, Halocynthia roretzi, reveals multiple ancient steps of cluster disintegration during ascidian evolution
Yuka Sekigami, Takuya Kobayashi, Ai Omi, Koki Nishitsuji, Tetsuro Ikuta, Asao Fujiyama, Noriyuki Satoh, Hidetoshi Saiga
Zoological Letters 2017年
https://doi.org/10.1186/s40851-017-0078-3

6.*#
A draft genome of the brown alga, Cladosiphon okamuranus, S-strain: a platformfor future studies of 'mozuku' biology
Koki Nishitsuji, Asuka Arimoto, Kenji Iwai, Yusuke Sudo, Kanako Hisata, Manabu Fujie, Nana Arakaki, Tetsuo Kushiro, Teruko Konishi, Chuya Shinzato, Noriyuki Satoh, Eiichi Shoguchi
DNA RESEARCH 2016年12月
https://doi.org/10.1093/dnares/dsw039

6.
Revised lineage of larval photoreceptor cells in Ciona reveals archetypal collaboration between neural tube and neural crest in sensory organ formation
Kouhei Oonuma, Moeko Tanaka, Koki Nishitsuji, Yumiko Kato, Kotaro Shimai, Takehiro G. Kusakabe
DEVELOPMENTAL BIOLOGY 2016年12月
https://doi.org/10.1016/j.ydbio.2016.10.014

5.
Genome-wide identification and characterization of transcription start sites and promoters in the tunicate Ciona intestinalis
Rui Yokomori, Kotaro Shimai, Koki Nishitsuji, Yutaka Suzuki, Takehiro G. Kusakabe, Kenta Nakai
GENOME RESEARCH 2016年1月
https://doi.org/10.1101/gr.184648.114

4.
TRPV2 is critical for the maintenance of cardiac structure and function in mice
Yuki Katanosaka, Keiichiro Iwasaki, Yoshihiro Ujihara, Satomi Takatsu, Koki Nishitsuji, Motoi Kanagawa, Atsushi Sudo, Tatsushi Toda, Kimiaki Katanosaka, Satoshi Mohri, Keiji Naruse
NATURE COMMUNICATIONS 2014年5月
https://doi.org/10.1038/ncomms4932

3.
Characterization of the compact bicistronic microRNA precursor, miR-1/miR-133, expressed specifically in Ciona muscle tissues
Rie Kusakabe, Saori Tani, Koki Nishitsuji, Miyuki Shindo, Kohji Okamura, Yuki Miyamoto, Kenta Nakai, Yutaka Suzuki, Takehiro G. Kusakabe, Kunio Inoue
GENE EXPRESSION PATTERNS 2013年1月
https://doi.org/10.1016/j.gep.2012.11.001

2.*
Cell lineage and cis-regulation for a unique GABAergic/glycinergic neuron type in the larval nerve cord of the ascidian Ciona intestinalis
Koki Nishitsuji, Takeo Horie, Aoi Ichinose, Yasunori Sasakura, Hitoyoshi Yasuo, Takehiro G. Kusakabe
DEVELOPMENT GROWTH & DIFFERENTIATION 2012年2月
https://doi.org/10.1111/j.1440-169X.2011.01319.x

1.
Profiling ascidian promoters as the primordial type of vertebrate promoter
Kohji Okamura, Riu Yamashita, Noriko Takimoto, Koki Nishitsuji, Yutaka Suzuki, Takehiro G. Kusakabe, Kenta Nakai
BMC GENOMICS 2011年11月
https://doi.org/10.1186/1471-2164-12-S3-S7


総説
1. 未開拓な大型海藻ゲノムの現状とこれから
西辻光希 (単著)
藻類 (2019年)

社会・地域活動

教育活動

担当科目 生命情報科学、情報学演習(分担)、化学I(分担)、水産増養殖学概論(分担)、養殖学実習I(分担)
オフィスアワー 随時
相談・講演・共同研究等に応じられるテーマなど ゲノム解析、次世代シーケンス、環境DNA

その他

個人のwebサイトはこちらから
https://koki-nishitsuji.studio.site/