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研究活動

著書・論文

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『査読つき論文』
【2025】
Nomaki H, Chikaraishi Y, Ogawa ON, Maki K, Shimanaga M, Suga H, Tsuchiya M, Nagata T, Ohkouchi N. 2025. Differential use of multiple food sources at a bathyal benthic ecosystem in the central Sagami Bay revealed by amino acid nitrogen isotopic compositions. Progress in Earth and Planetary Science 12, 6.

Isobe N, Tanaka K, Ishii S, Shimane Y, Okada S, Daicho K, Sakuma W, Uetani K, Yoshimura T, Kimoto K, Kimura S, Saito T, Nakajima R, Tsuchiya M, Ikuta T, Kawagucci S, Iwata T, Nomaki H. 2025. Fully-circular shapeable transparent paperboard with closed-loop recyclability and marine biodegradability across shallow to deep sea. Science Advances 11, eads2426.

Tsuchiya M, Kitahashi T, Taira Y, Saito H, Oguri K, Nakajima R, Lindsay DJ, Fujikura K. 2025. Rapid detection and quantification of Nile Red-stained microplastic particles in sediment samples. PeerJ 13, e19196.

Gooday AJ, Ishitani Y, Chen C, Holzmann M, Richirt J, Seike K, Yamashita M, Tsuchiya M, Nomaki H. 2025. Integrative taxonomy of new xenophyophores (Rhizaria, Foraminifera) from the abyssal northwest Pacific. European Journal of Taxonomy (in press).

【2024】
Hookabe N, Jimi N, Ogawa A, Tsuchiya M, Sluys R. 2024. The Abyssal Parasitic Flatworm Fecampia cf. abyssicola: New Records, Anatomy, and Molecular Phylogeny, with a Discussion on Its Systematic Position. The Biological Bulletin 245(2), 77–87.

Richirt J, Okada S, Ishitani Y, Uematsu K, Tame A, Oda K, Isobe N, Ishimura T, Tsuchiya M, Nomaki H. 2024. Composite calcite and opal test in Foraminifera (Rhizaria). Biogeosciences 21, 3271–3288.

Nakajima R, Nagano A, Osafune S, Tsuchiya M, Fujikura K. 2024. Aggregation and transport of microplastics by a cold-core ring in the southern recirculation of the Kuroshio Extension: the role of mesoscale eddies on plastic debris distribution. Ocean Dynamics 74, 773–782.

Omura T, Isobe N, Miura T, Ishii S, Mori M, Ishitani Y, Kimura S, Hidaka K, Komiyama K, Suzuki M, Kasuya K, Nomaki H, Nakajima R, Tsuchiya M, Kawagucci S, Mori H, Nakayama A, Kunioka M, Kamino K, Iwata T. 2024. Microbial Decomposition of Biodegradable Plastics on the Deep-Sea Floor. Nature Communications 15, 568.

Tsuchiya M, Kitahashi T, Nakajima R, Oguri K, Kawamura K, Nakamura A, Nakano K, Maeda Y, Murayama M, Chiba S, Fujikura K. 2024. Distribution of microplastics in bathyal- to hadal-depth sediments and transport process along the deep-sea canyon and the Kuroshio Extension in the Northwest Pacific. Marine Pollution Bulletin 199, 115466.

【2023】
Bernhard JM, Nomaki H, Shiratori T, Elmendorf A, Yabuki A, Kimoto K, Tsuchiya M, Shimanaga M. 2023. Hydrothermal vent chimney-base sediments as unique habitat for meiobenthos and nanobenthos: Observations on millimeter-scale distributions. Frontiers in Marine Science 9, 1033381.

Bouchet VMP, Seuront L, Tsujimoto A, Delaeter C, Richirt J, Frontalini F, Tsuchiya M, Matsuba M, Nomaki N. 2023. Foraminifera and plastic pollution: knowledge gaps and research opportunities. Environmental Pollution 324, 121365.

Matsuba M, Tsujimoto A, Tsuchiya M, Tanaka Y, Nomaki H. 2023. Effectiveness of hierarchical Bayesian models for citizen science data with missing values: A case study on the factors influencing beach litter in Shimane Prefecture, Japan. Marine Pollution Bulletin 191, 114948.

Tame A, Maruyama T, Ikuta T, Chikaraishi Y, Ogawa NO, Tsuchiya M, Takishita K, Tsuda M, Hirai M, Takaki Y, Ohkouchi N, Fujikura K, Yoshida T. 2023. mTORC1 regulates phagosome digestion of symbiotic bacteria for intracellular nutritional symbiosis in a deep-sea mussel. Science Advances 9, eadg8364.

Jimi N, Hookabe N, Fujimoto S, Kise H, Ogawa A, Tsuchiya M. 2023. Three species of Fauveliopsidae (Annelida) from the northwestern Pacific including a new species description. Plankton and Benthos Research 18(4), 178–184.

【2022】
Nakajima R, Miyama T, Kitahashi T, Isobe N, Nagano Y, Ikuta T, Oguri K, Tsuchiya M, Yoshida T, Aoki K, Maeda Y, Kawamura K, Suzukawa M, Yamauchi T, Ritchie H, Fujikura K, Yabuki A. 2022. Plastic after an extreme storm: The typhoon-induced response of micro- and mesoplastics in coastal waters. Frontiers in Marine Science 8, 806952.

Toue R, Fujita K, Tsuchiya M, Chikaraishi Y, Sasaki Y, Ohkouchi N, 2022. Trophic niche separation of two non-spinose planktonic foraminifers Neogloboquadrina dutertrei and Pulleniatina obliquiloculata. Progress in Earth and Planetary Science 9, 20.

【2021】
Hayward BW, Holzmann M, Pawlowski J, Parker J, Kaushik T, Toyofuku-Suzuki M, Tsuchiya M. 2021. Molecular and morphological taxonomy of living Ammonia and related taxa (Foraminifera) and their biogeography. Micropaleontology 67, 109–314.

Ikuta T, Nakajima R, Tsuchiya M, Chiba S, Fujikura K. 2021. Interdecadal distribution of persistent organic pollutants in deep-sea chemosynthetic bivalves. Frontiers in Marine Science 8, 751848.

Kitahashi T, Nakajima R, Nomaki H, Tsuchiya M, Yabuki A, Yamaguchi S, Zhu C, Kanaya Y, Lindsay DJ, Chiba S, Fujikura K. 2021. Development of robust models for rapid classification of microplastic polymer types based on near infrared hyperspectral images. Analytical Methods 13, 2215–2222.

Nakajima R, Tsuchiya M, Yabuki A, Masuda S, Kitahashi T, Nagano Y, Ikuta T, Isobe N, Nakata H, Ritchie H, Oguri K, Osafune S, Kawamura K, Suzukawa M, Yamauchi T, Iijima K, Yoshida T, Chiba S, Fujikura K. 2021. Massive occurrence of benthic plastic debris at the abyssal seafloor beneath the Kuroshio Extension, the Northwest Pacific. Marine Pollution Bulletin 166, 112188.

Nomaki H, Chen C, Oda K, Tsuchiya M, Tame A, Uematsu K, Isobe N. 2021. Abundant Chitinous Structures in Chilostomella (Foraminifera, Rhizaria) and Their Potential Functions. Journal of Eukaryotic Microbiology 68, e12828.

Nomaki H, Rastelli E, Alves A, Suga H, Ramos S, Kitahashi T, Tsuchiya M, Ogawa NO, Matsui Y, Seike K, Miyamoto N, Corinaldesi C, Manea E, Ohkouchi N, Danovaro R, Nunoura T, Amaro T. 2021. Abyssal fauna, benthic microbes, and organic matter quality across a range of trophic conditions in the western Pacific Ocean. Progress in Oceanography 195, 102591.

Nomaki H, Rastelli E, Ogawa NO, Matsui Y, Tsuchiya M, Manea E, Corinaldesi C, Hirai M, Ohkouchi N, Danovaro R, Nunoura T, Amaro T. 2021. In situ experimental evidences for responses of abyssal benthic biota to shifts in phytodetritus compositions linked to global climate change. Global Change Biology 27, 6139–6155.

Nurlatifah, Yamauchi T, Nakajima R, Tsuchiya M, Yabuki A, Kitahashi T, Nagano Y, Isobe N, Nakata H. 2021. Plastic additives in deep-sea debris collected from the western North Pacific and estimation for their environmental loads. Science of the Total Environment 768, 144537.

Salonen I, Chronopoulou P-M, Nomaki H, Langlet D, Tsuchiya M, Koho KA, 2021. 16S rRNA gene metabarcoding indicates characteristic microbiomes in different deep-sea benthic foraminiferal species. Fronitiers in Microbiology 12, 694406.

Tsuchiya M, Nomaki H. 2021. Rapid response of the giant protist xenophyophores (Foraminifera, Rhizaria) to organic matter supply at abyssal depths revealed by an in situ dual stable isotope labeling experiment. Deep Sea Research I 176, 103608.

Zhu C, Kanaya Y, Tsuchiya M, Nakajima R, Nomaki H, Kitahashi T, Fujikura K. 2021. Optimization of a hyperspectral imaging system for rapid detection of microplastics down to 100 μm. MethodsX 8, 101175.

【2020】
Tsuchiya M, Miyawaki S, Oguri K, Toyofuku T, Tame A, Uematsu K, Takeda K, Sakai Y, Miyake H, Maruyama T. 2020. Acquisition, Maintenance, and Ecological Roles of Kleptoplasts in Planoglabratella opercularis (Foraminifera, Rhizaria). Frontiers in Marine Science 7, 585.

Xing D, Choi B, Takizawa Y, Fan R, Sugaya S, Tsuchiya M, Ohkouchi N, Chikaraishi Y. 2020. Trophic hierarchy of coastal marine fish communities viewed via compound-specific isotopic analysis of amino acids. Marine Ecology Progresss Series 652, 137–144.

Zhu C, Kanaya Y, Nakajima R, Tsuchiya M, Nomaki H, Kitahashi T, Fujikura K. 2020. Characterization of marine microplastics on filter substrates based on hyperspectral imaging. Environment Pollution 263, 114296.

【2019】
Hayward BW, Holzmann M, Tsuchiya M. 2019. Combined molecular and morphological taxonomy of the beccarii/T3 clade of the foraminiferal genus Ammonia. Journal of foraminiferal Research 49, 367–389.

Kashiyama Y, Yokoyama A, Shiratori T, Bachy C, Gutierrez-Rodriguez A, Not F, Hess S, Wang M, Chen M, Gong Y, Seto K, Kagami M, Hamamoto Y, Honda D, Umetani T, Shihongi A, Kayama M, Matsuda T, Taira J, Yabuki A, Tsuchiya M, Hirakawa Y, Kawaguchi A, Nomura M, Nakamura A, Namba N, Matsumoto M, Tanaka T, Yoshino T, Higuchi R, Yamamoto A, Maruyama T, Yamaguchi A, Uzuka A, Miyagishima S, Kawahara J, Suzaki T, Nakazawa M, Ishikawa T, Maruyama M, Tanifuji G, Kinoshita Y, Tamiaki H. 2019. Taming chlorophylls by early eukaryotes underpinned algal interactions and the diversification of the eukaryotes on the oxygenated Earth. The ISME journal 13, 1899–1910.

Nakajima R, Lindsay DJ, Tsuchiya M, Matsui R, Kitahashi T, Fujikura K, Fukushima T. 2019. A small, stainless-steel sieve optimized for laboratory beaker-based extraction of microplastics from environmental samples. MethodsX 6, 1677–1682.

Nakajima R, Tsuchiya M, Lindsay DJ, Kitahashi T, Fujikura K, Fukushima T. 2019. A new small device made of glass for separating microplastics from marine and freshwater sediments. PeerJ, 7, e7915.

Tsuchiya M, Nomaki H, Kitahashi T, Nakajima R, Fujikura K. 2019. Sediment sampling with a core sampler equipped with aluminum tubes and an onboard processing protocol to avoid plastic contamination. MethodsX 6, 2662–2668.

【2018】
Bernhard JM, Tsuchiya M, Nomaki H. 2018. Ultrastructural observations on prokaryotic associates of benthic foraminifera: food, mutualistic symbionts, or parasites? Marine Micropaleontology 138, 33–45.

Ishikawa NF, Chikaraishi Y, Takano Y, Sasaki Y, Takizawa Y, Tsuchiya M, Tayasu I, Nagata T, Ohkouchi N. 2018. A new analytical method for determination of the nitrogen isotopic composition of methionine: Its application to aquatic ecosystems with mixed resources. Limnology & Oceanography: Methods 16, 607–620.

Jauffrais T, LeKieffre C, Koho K, Tsuchiya M, Schweizer M, Bernhard JM, Meibom A, Geslin E. 2018. Ultrastructure and distribution of sequestered chloroplasts in benthic foraminiferafrom shallow-water (photic) habitats. Marine Micropaleontology 138, 46–62.

Kitahashi T, Watanabe H, Tsuchiya M, Yamamoto Hideyuki, Yamamoto Hiroyuki. 2018. A new method for acquiring images of meiobenthic images using the FlowCAM. MethodsX 5, 1330–1335.

Tsuchiya M, Chikaraishi Y, Nomaki H, Sasaki Y, Tame A, Uematsu K, Ohkouchi N. 2018. Compound-specific isotope analysis of benthic foraminifer amino acids suggests microhabitat variability in rocky-shore environments. Ecology and Evolution 8, 8380–8395.

Voltski I, Weiner AKM, Tsuchiya M, Kitazato H. 2018. Morphological and genetic description of Syringammina limosa sp. nov., the first xenophyophore (Foraminifera) from the deep Sea of Okhotsk. Deep-Sea Research Part II 154, 32–46.

【2017】
Toyofuku T, Matsuo MY, de Nooijer LJ, Nagai Y, Kawada S, Fujita K, Reichart G-J, Nomaki H, Tsuchiya M, Sakaguchi H, Kitazato H. 2017. Proton pumping accompanies calcification in foraminifera. Nature Communications 8, 14145.

【2016】
Nomaki H, Bernhard JM, Ishida A, Tsuchiya M, Uematsu K, Tame A, Kitahashi T, Takahata N, Sano Y, Toyofuku T. 2016. Intracellular isotope localization in Ammonia sp. (Foraminifera) of oxygen-depleted environments: results of nitrate and sulfate labeling experiments. Frontiers in Microbiology 7, 163.

土屋正史, 豊福高志, 野牧秀隆. 2016. 有孔虫の生物学的プロセス研究の進展―微化石生物の古生態を理解するための現生有孔虫生態学―. 化石 100, 81‒108.

【2015】
Nomaki H, Chikaraishi Y, Tsuchiya M, Toyofuku T, Suga H, Sasaki Y, Uematsu K, Tame A, Ohkouchi N. 2015. Variation in the nitrogen isotopic composition of amino acids in benthic foraminifera: implications for their adaptation to oxygen-depleted environments. Limnology and Oceanography 6, 1906‒1916.

Nomaki H, Toyofuku T, Tsuchiya M, Matsuzaki T, Uematsu K, Tame A. 2015. Three-dimensional observation of foraminiferal cytoplasmic morphology and internal structures by using uranium–osmium staining and micro X-ray computed tomography. Marine Micropaleontology 121, 32‒40.

Tsuchiya M, Toyofuku T, Uematsu K, Brüchert V, Collen J, Yamamoto H, Kitazato H. 2015. Cytologic and Genetic Characteristics of Endobiotic Bacteria and Kleptoplasts of Virgulinella fragilis (Foraminifera). Journal of Eukaryotic Microbiology 62, 454‒469.

【2014】
Chikaraishi Y, Steffan SA, Ogawa ON, Ishikawa NF, Sasaki Y, Tsuchiya M, Ohkouchi N, 2014, High-resolution food webs based on nitrogen isotopic composition of amino acids. Ecology and Evolution 4, 2423‒2449.

Nomaki H, Chikaraishi Y, Tsuchiya M, Toyofuku T, Ohkouchi N, Uematsu K, Tame A, Kitazato H, 2014, Nitrate uptake by foraminifera and use in conjunction with endobionts under anoxic conditions. Limnology and Oceanography 59, 1897‒1888.

Tsuchiya M, Takahara K, Aizawa M, Suzuki-Kanesaki H, Toyofuku T, Kitazato H. 2014. How has foraminiferal genetic diversity developed? A case study of Planoglabratella opercularis and the species concept inferred from its ecology, distribution, genetics, and breeding behavior. Pp. 133‒162 in H. Kitazato, J. M. Bernhard, eds. Experimental Approaches in Foraminifera: Collection, Maintenance and Experiments. Environmental Science Series. Springer, Tokyo, Japan.

【2013】
Tsuchiya M, Gooday AJ, Nomaki H, Oguri K, Kitazato H. 2013. Genetic diversity and environmental preferences of monothalamous foraminifers revealed through clone analysis of environmental small-subunit ribosomal DNA sequences. Journal of Foraminiferal Research 43, 3‒13.

【2012】
Hori S, Tsuchiya M, Nishi S, Arai W, Yoshida T, Takami H. 2013. Active bacterial flora surrounding foraminifera (xenophyophorea) living on the deep-sea floor. Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry 77, 381‒384.

Ishitani Y, Kamikawa R, Yabuki A, Tsuchiya M, Inagaki Y, Takishita K. 2012. Evolution of Elongation Factor-Like (EFL) Protein in Rhizaria Is Revised by Radiolarian EFL Gene Sequences. Journal of Eukaryotic Microbiology 59, 367‒373.

Maeda T, Hirose E, Chikaraishi Y, Kawato M, Takishita K, Yoshida T, Verbruggen H, Tanaka J, Shimamura S, Takaki Y, Tsuchiya M, Iwai K, Maruyama T. 2012. Algivore or phototroph? Plakobranchus ocellatus (Gastropoda) continuously acquires kleptoplasts and nutrition from multiple algal species in nature. PLosOne 7, e42024.

Takahashi Y, Sasaki Y, Chikaraishi Y, Tsuchiya M, Watanabe H, Asahida T, Maruyama T, Fujikura K. 2012. Does the symbiotic scale—worm feed on the host mussel in deep-sea vent field? Research in Organic Geochemistry 28, 23‒26.

【2011】
力石嘉人, 高野淑識, 小川奈々子, 佐々木瑶子, 土屋正史, 大河内直彦. 2011. アミノ酸の窒素同位体比を用いた生物の栄養段階の解析：陸上環境を含めた生物生態系の解明に向けて. 日本地球化学会, Researches in Organic Geochemistry 27, 3‒11.

Ishitani Y, Ishikawa SA, Inagaki Y, Tsuchiya M, Takahashi K, Takishita K. 2011. Multigene phylogenetic analyses including diverse radiolarian species support the "Retaria" hypothesis - the sister relationship of Radiolaria and Foraminifera. Marine Micropaleontology: 81, 32‒42.

土屋正史. 2011. 貧酸素環境の小さな生物：細胞内の小さな生物との相互作用. 生物科学 62, 143‒150.

【2010】
青池 寛, 西 弘嗣, 坂本竜彦, 飯島耕一, 土屋正史, 平 朝彦, 倉本真一, 眞砂英樹, 下北コア微化石研究グループ. 2010. 地球深部探査船「ちきゅう」の下北半島沖慣熟航海コア試料―物性変動から予測される古環境変動―化石 87, 65‒81.

力石嘉人，小川奈々子，高野淑識，土屋正史，大河内直彦．2010．アミノ酸の窒素同位体比を用いた水棲生物の栄養段階の解析．特集号「有機物・微生物・生態系の地球化学」．地球化学：44，233‒241.

【2009】
Lecroq B, Gooday AJ, Tsuchiya M, Pawlowski J. 2009. A new genus of xenophyophores (Foraminifera) from Japan Trench: morphological description, molecular phylogeny and elemental analysis. The Zoological Journal of the Linnean Society 156, 455‒464.

丸山 正, 加藤 千明, 山本 啓之, 藤倉 克則, 佐藤 孝子, 藤原 義弘, 古島 靖夫, 土田 真二, 小俣 珠乃, Dhugal J. Lindasay, 吉田 尊雄, 喜多村 稔, 瀧下 清貴, 河戸 勝, 渡部 裕美, Paradillon Florence, 奥谷 喬司, 大石 和恵, 土屋 正史, 三宅 裕志, James D. Reimer, 佐々木 猛智, 根本 卓. 2009. 地球システムにおける海洋生態系の構造と役割の解明—海洋生態・環境研究プログラムにおける2004-2008年度（第1期中期計画）における研究成果概要報告—．JAMSTEC Rep. Res. Dev. 9, 13–74.

土屋正史. 2009. 浮遊性有孔虫の分子系統解析からみた両極性分布の成立過程．化石 85, 14‒24.

Tsuchiya M, Grimm GW, Heinz P, Stögerer K, Ertan KT, Collen J, Brüchert V, Hemleben C, Hemleben V, Kitazato H, 2009, Ribosomal DNA shows extremely low genetic divergence in a world-wide distributed, but disjunct and highly adapted marine protozoan (Virgulinella fragilis, Foraminiferida). Marine Micropaleontology 70, 8‒19.

【2008】
Kuroyanagi A, Tsuchiya M, Kawahata H, Kitazato H. 2008. The occurrence of two genotypes of the planktonic foraminifer Globigerinoides ruber (white) and paleo-environmental implications. Marine Micropaleontology 68, 236‒243.

Tsuchiya M, Tazume M, Kitazato H. 2008. Molecular characterization of the non-costate morphotypes of buliminid foraminifers based on internal transcribed region of ribosomal DNA (ITS rDNA) sequence data. Marine Micropaleontology 69, 212‒224.

【2007】
Takishita K, Tsuchiya M, Kawato M, Oguri K, Kitazato H, Maruyama T. 2007. Genetic Diversity of Microbial Eukaryotes in Anoxic Sediment of the Saline Meromictic Lake Namako-ike (Japan): On the Detection of Anaerobic or Anoxic-tolerant Lineages of Eukaryotes. Protist 158, 51‒64.

【2006】
Nozawa F, Kitazato H, Tsuchiya M, Gooday AJ. 2006. ‘Live’ benthic foraminifera at an abyssal site in the equatorial Pacific nodule province: Abundance, diversity and taxonomic composition. Deep-Sea Research I 53, 1406–1422.

Takishita K, Tsuchiya M, Reimer JD, Maruyama T. 2006. Molecular evidence demonstrating the basidiomycetous fungus Cryptococcus curvatus is the dominant microbial eukaryote in sediment at the Kuroshima Knoll methane seep. Extremophiles 10, 165‒169.

【2005】
Takishita K, Inagaki Y, Tsuchiya M, Sakaguchi M, Maruyama T. 2005. A close relationship between Cerocozoa and Foraminifera supported by phylogenetic analysis based on combined amino acid sequences of three cytoskeletal proteins (actin, α-tubulin, and β-tubulin). Gene 362, 153‒160.

Toyofuku-Suzuki M, Kitazato H, Tsuchiya M. 2005. Phylogenetic relationships among genus Ammonia (Foraminifera) based on ribosomal DNA sequences, which are distributed in the vicinity of the Japanese Islands. Frontier Research on Earth Evolution 2, 1‒9.

【2003】
Kitazato H, Tazume M, Tsuchiya M, 2003, Phylogenetic relationships among the species of genus Bulimina (Foraminifera) inferred from ribosomal DNA sequences. Frontier Research on Earth Evolution 1, 233‒238.

Tsuchiya M, Kitazato H, Pawlowski J. 2003. Analysis of internal transcribed spacer of ribosomal DNA reveals cryptic speciation in Planoglabratella opercularis. Journal of Foraminiferal Research 33, 285‒293.

【2000】
Kitazato H, Tsuchiya M, Takahara K. 2000. Recognition of breeding populations in foraminifera: an example using the genus Glabratella. Paleontological Research 4, 1‒15.

Toyofuku T, Kitazato H, Kawahata H, Tsuchiya M, Nohara M. 2000. Evaluation of Mg/Ca thermometry in foraminifera: Comparison of experimental results and measurements in nature. Paleoceanography 15, 456‒464.

土屋正史, 北里 洋. 2000. 形態と分子から見た有孔虫の種. 日本プランクトン学会誌 47, 66‒70.

Tsuchiya M, Kitazato H, Pawlowski J. 2000. Phylogenetic relationships among species of Glabratellidae (Foraminifera) inferred from ribosomal DNA sequences: Comparison with morphological and reproductive data. In Lee, J.J. and Hallock, P. (eds.), Advances in the Biology of Foraminifera. Micropaleontology 46, 13‒20.

『査読なし論文』
【2024】
土屋正史. 2024. 大量のマイクロプラスチックが深海堆積物にあった！：その分布実態と輸送経路に迫る．岩波「科学」, 94 (4), 285–291.

土屋正史. 2024. 深海底のプラスチックごみや深海堆積物内のマイクロプラスチックの分布実態と輸送経路の推定．月刊誌「環境と測定技術」日本環境測定分析協会, 51(8), 3–10.

【2020】
北橋 倫, 中嶋亮太, 野牧秀隆, 小栗一将, 土屋正史, 千葉早苗, 藤倉克則. 2020. 海洋マイクロプラスチックの調査・分析手法. 第28回海洋工学シンポジウム, 日本海洋工学会・日本船舶海洋工学会．OES28-072.

Nakajima R, Tsuchiya M, Yabuki A, Masuda S, Kitahashi T, Nagano Y, Ikuta T, Isobe N, Nakata H, Ritchie H, Oguri K, Osafune S, Kawamura K, Suzukawa M, Yamauchi T, Iijima K, Yoshida T, Chiba S, Fujikura K. 2020. Massive occurrence of benthic plastic debris at the abyssal seafloor beneath the KuroshioExtension, the North West Pacific. bioRxiv.

朱 春茂, 金谷有剛, 中嶋亮太, 土屋正史, 野牧秀隆, 北橋 倫, 藤倉克則. 2020. マイクロプラスチックの高速な検出分類手法を確立. 月刊「JETI: Japan Energy & Technology Intelligence」68, 88–91.

【2009】
豊福高志, 小栗一将, de Nooijer LJ, 野牧秀隆, 土屋正史, 北里 洋. 2009. 地球化学・地球生物学分野への分子イメージング手法の応用, 第四回学際領域における分子イメージングフォーラム. JAXA Special Publication: CD-ROM.

【2008】
豊福高志, Lennart de Nooijer, 野牧秀隆, 小栗一将, 土屋正史, 北里 洋. 2008. 有孔虫細胞内の環境可視化手法の開発と応用-バイオミネラリゼーションの解明を目指して−. 月刊海洋 30, 346–351.

【2001】
北里 洋, 土屋正史, Mary McGann. 2001. 東アジアの内湾生有孔虫Trochammina hadai Uchioはどのようにして太平洋を渡ったのか？月刊海洋 33, 399–405.

【2000】
土屋正史, 北里 洋. 2000. 有孔虫における分子系統解析−底生有孔虫Glabratellidaeを例として−. 月刊海洋32, 264–269.

【1999】
北里 洋, 土屋正史. 1999. 有孔虫はなぜ環境や古環境の指標として使えるのか？---内湾の指標種Ammonia beccarii (Linne) を例として---. 鹿児島大学南太平洋海域調査研究報告 32, 3–17.

『書籍等』
【2024】
野牧秀隆、高木悠花、藤田和彦、土屋正史「有孔虫類」の項目を分担執筆「図鑑NEOポケット」小学館（2024年6月25日）

【2023】
土屋正史、野牧秀隆、「有孔虫」の項目を分担執筆「原生生物学事典」朝倉書店（2023年05月01日）

野牧秀隆、土屋正史、岡崎裕典、窪田薫、「環境汚染」を分担執筆「古生物の百科事典」丸善出版（2023年1月）

岡崎裕典、窪田薫、土屋正史、野牧秀隆、コラム「過去の生物による「環境汚染」」を分担執筆「古生物の百科事典」丸善出版（2023年1月）

土屋正史、「生活環」を執筆「古生物の百科事典」丸善出版（2023年1月）

土屋正史、科学博物館特別展「毒」「毒を溜める深海の巨大単細胞生物ゼノフィオフォア」。1項目を執筆（2022年11月）

【2022】
中嶋亮太、土屋正史. 2022. どこへゆく？特集「海洋プラスチック問題−JAMSTECが科学と技術で挑む」．Blue Earth 169, 4–5．（インタビューを元にライターが文字おこし）。

中嶋亮太、土屋正史. 2022. 「プラスチック生命圏」が出現。特集「海洋プラスチック問題−JAMSTECが科学と技術で挑む」．Blue Earth 169, 10–11．（インタビューを元にライターが文字おこし）。

土屋正史、高橋朋子. 2022. 分析技術に革新を。特集「海洋プラスチック問題−JAMSTECが科学と技術で挑む」．Blue Earth 169, 12–13．（インタビューを元にライターが文字おこし）。

【2018】
石谷佳之, 土屋正史. 2018. 「アメーバのはなし」—原生生物と人との関わり−永宗喜三郎, 島野智之, 矢吹彬憲編. 朝倉書店（2.8海水　2.8.2自由生活性，コラム「微化石」の二項目を分担執筆

【2016】
土屋正史. 珪藻から葉緑体を盗み取る有孔虫. Blue Earth 142 (vol. 28, no. 2), 4–17.

【2015】
土屋正史. 2015. 地質時代や環境の生物指標『有孔虫』. 国立科学博物館 自然と科学の情報誌milsil 8, 20–21.

土屋正史. 2015. 深海には巨大な単細胞真核生物がいる. 自然史学会連合 お話365（1日分を担当）

【2013】
木元克典, 土屋正史, 豊福高志. 2013. 小さな有孔虫が大きな地球を語る。Blue Earth 126(v. 25, no. 4), 2–17.

特別展「深海」−挑戦の歩みと驚異の生きものたち−,第5章深海への適応(5—1.巨大化する)「巨大な単細胞生物」(p. 125):分担執筆

【2012】
土屋正史. 2012. 生物多様性 海洋生態系の仕組みと成り立ちを知る．Blue Earth 118(v. 24, no. 2), 28–31.

【2011】
土屋正史, 力石嘉人. 2011. “食べる−食べられる”の複雑な関係をアミノ酸窒素同位体から読み解く. Blue Earth 112, 16–17.

【2010】
古生物学辞典 第2版,2010,朝倉書店(4項目を分担執筆)

社会・地域活動

【地域貢献】
2006年 8月　内閣府子ども見学デー　「ちきゅう」コアサンプルを用いた顕微鏡観察とその説明（内閣府・霞が関）
2007年 3月　海洋研究開発機構　高校生対象「スプリングサイエンスキャンプ」
2010年10月　COP10交流フェアブース展示「同位体生態学研究」（名古屋）
2011年12月　海洋研究開発機構公開セミナー 「生物多様性：海洋生態系の仕組みと成り立ちを知る」（JAMSTEC横浜研究所）
2012年 7月　群馬県立自然史博物館 第40回企画展　「深海の生物−海底二万里の世界」協力
2012年11月　第4回藤原ナチュラルヒストリー財団講演会シンポジウム「極限の世界の生き物たち」講演：「こんなところにもいる原生生物の謎を解く」2012年11月10日（国立博物館・上野）
2012-2013　国立科学博物館企画展「深海−挑戦の歩みと驚異の生き物たち−」参画・協力
2013年 7月　JAMSTEC中高生のためのサイエンスフェア（JAMSTEC横須賀本部）
2015年10月　茗渓学園中学校・高等学校出前授業（つくば市）
2019年 2月　GODACセミナー「海にひそむプラスチックごみとその影響」（那覇市）
2019年 3月　みたか環境活動推進会議　三鷹市環境講座　「海洋プラスチックごみの実態と海洋生物への影響」講演（三鷹市）
2019年 7月　船の科学館「海の学舎・わくわくキッズパーク」講演（品川区）
2019年 7月　第16回JAMSTEC地球環境シリーズ講演会「脱プラスチックオーシャン 海洋科学者と一緒に考えよう」 「技術革新でプラスチックオーシャンに挑む」講演・パネリスト（港区）
2019年 8月　NHK社会部取材 よこすか航海でのプラスチックごみ観測の取り組みについて
　　・NHKニュース7（放送日：8月18日）
　　・NHK world放送（放送日：8月19日）
2019年 8月　AFP通信取材 海洋におけるプラスチックごみ
2020年 2月　静岡新聞取材　海洋プラスチックごみ汚染について（記事掲載:月18日）
2020年 3月　茨城県自然博物館 第78回企画展「深海ミステリー2020-ダイオウイカがみる世界-」協力
2020年 3月　朝日新聞東京本社 科学医療部取材　よこすか（YK19-11）航海における海洋プラスチック観測の取り組みについて（記事掲載：6月21日）
2020年 5月　株式会社リコー取材 有孔虫を用いたマイクロプラスチック研究について
2020年 6月　毎日新聞取材マイクロプラスチックの自動検出法について
2020年 7月　日刊工業新聞取材 海洋プラスチックの検出について
2020年 7月　海水中のマイクロプラスチック量をAIで計測、海洋汚染の実態解明へ　NECとJAMSTECが分析システム（NECからのプレスリリース）
　　・ITmedia NEWS、Yahoo！ニュース（記事掲載：7月3日）
　　・TECHABLE、エキサイトニュース（記事掲載：7月5日）
　　・化学工業日報、日刊ケミカルニュース（記事掲載：7月6日）
　　・ゴムタイムスDigital、Japan Today、ZDNet Japan、Yahoo！ニュース、環境ビジネスオンライン（記事掲載：7月7日）
2021年 2月　中京テレビ電話インタビュー 海洋プラスチック問題について
2022年 9月　山陽新聞インタビュー 海洋プラスチック問題について
2022-2025　国立科学博物館特別展「毒」参画・協力
2023年10月　むつ科学技術館企画展 下北ジオパーク関連展示物協力「関根浜のマイクロプラスチック観測について」
2023年10月　かわさき市民アカデミー「活躍する科学・技術」講座　「海洋マイクロプラスチック汚染問題と地球環境」講演
2023年10月　深海底堆積物に大量のマイクロプラスチックを発見～行方不明のマイクロプラスチックは深海に～（プレスリリース）
　　・朝日新聞デジタル「深海底にマイクロプラスチックが大量蓄積 「しんかい6500」調査」（記事掲載：10月7日）
　　・Yahooニュース「深海底にマイクロプラスチックが大量蓄積 「しんかい6500」調査」（記事掲載：10月7日）
　　・日刊工業新聞「行方不明のマイクロプラ 深海に多く蓄積」（記事掲載：10月11日）
　　・産経新聞「マイクロプラスチック 深海への意外な経路判明」（記事掲載：10月14日）
　　・朝日小学生新聞・中高生新聞「深海の底に大量のマイクロプラ」（記事掲載：11月22日）
　　・朝日新聞 夕刊「房総沖の深海に大量のマイクロプラ　黒潮に運ばれ、最多・地中海地点の260倍　海洋機構など」（記事掲載：11月9日）
　　・The Asahi Shimbun “Highest count of microplastics found on deep seafloor off Chiba”（記事掲載：12月4日）
　　・The South China Morning Post newspaper “Japanese researchers alarmed as microplastic density off Honshu island exceeds highs in Mediterranean Sea”（記事掲載：12月7日）

【社会活動】
2023-2025　日本古生物学会法人化実行委員会委員
2022-　文部科学省 科学技術・学術政策研究所 専門調査員
2022-2023　日本学術振興会 特別研究員等審査会専門委員
2021-2023　日本古生物学会法人化検討委員会委員
2021-2023　日本古生物学会将来計画委員会 SDGs・研究倫理分科会委員
2021-2023　日本古生物学会賞の委員会委員
2020-2024　日本地球惑星科学連合大会「地球化学としてのマイクロプラスチック」共同コンビーナー
2018-2019　日本学術振興会 特別研究員等審査会専門委員
2011-2015　日本古生物学会庶務幹事
2014　微化石リファレンスセンター研究集会企画・運営
2014　The Micropaleontological Society’s Joint Foraminifera and Nanofossil Meeting “A new threat for marine environments and foraminifera: micro- and nano- plastics” Workshop主催（Fribourg, Switzerland）
2013-2014　日本学術振興会 科学研究費委員会専門委員
2012　Field workshop on living foraminifera企画・運営
2008-2010　4th International Symposium on Chemosynthesis-Based Ecosystems（第4回化学合成生態系シンポジウム）大会組織委員会委員
2009　第7回有孔虫研究会/MRC研究発表会（2009年3月2日～3月4日），国立科学博物館新宿分館 企画・運営
2009　NERC (Natural Environment Research Council) standard grant審査（英国自然環境研究会議研究費審査委員）
2003-2005　地球システム・地球進化ニューイヤースクール企画・運営（第3回～第5回）

【集中講義・特別講義を含む教育歴】
2009年11月　関東学院大学工学部研究発表講演会　特別講演「海洋・深海調査から観た地球環境と生物の応答」
2015-2022　東北大学大学院農学研究科縁辺深海生態系動態学分野（連携講座 客員准教授）
2015年8月　東北大学女川フィールドセンター集中講義
2015年12月　静岡大学理学部集中講義
2017年10月　八戸工業大学 講演
2017-2019　上智大学地球環境学研究科地球環境学専攻（非常勤講師）
2021年12月　京都大学大学院人間・環境学研究科 相関環境学専攻自然環境動態論講座　講義
2022-2024　八戸工業大学 海洋プラスチック汚染の実態と生物への影響「海洋学の基礎と未来」オムニバス講座
2023年2月　秋田大学資源地球化学特別講義I　非常勤講師（集中講義）
2023年2月　駒場東邦中学校高等学校中1総合学習「環境教育オンライン交流プログラム」講演
2024-2025　東京農工大学大学院工学府生命工学科海洋生物環境科学連携分野（客員教授）

【知的財産】
2018年6月　生物粒子を含む試料の前処理方法、生物粒子の画像取得方法、生物粒子を含む試料の前処理装置、及び生物粒子画像取得装置（特願2018-553829）

教育活動

その他

2021年 　The 2021 Best Paper Award from Micropaleontology
2017年　日本古生物学会2016年度学術賞
2006年　International Symposium on Foraminifera 2006（FORAMS 2006）ポスター賞
2001年　2000年度日本古生物学会論文賞受賞