研究成果のポイント
福井県立大学海洋生物資源学部の水圏微生物生態学研究室は、日向湖から単離し維持培養している嫌気性原生成物の培養からGottschalkiaceae科に属する絶対嫌気細菌株SANAの全ゲノム配列を決定しました。その研究論文が米国微生物学会の国際学術誌「Microbiology Resource Announcements」にオンライン掲載されました。
研究の背景と成果
日向湖からヘテロロボサに属する未知の原生生物が単離され、この原生生物の培養液中に含まれる主要な嫌気性細菌のうちの一種類がSANA株として単離されました。細菌の分類指標である16S rRNA遺伝子配列を分析したところ、Gottschalkia属に近縁なものの、既存のAndressenia angusta MK-1株、Gottschalkia acidiurici strain 9a株とは類似度が低く新種の可能性が高いことがわかりました。Gottschalkia属に近縁な系統では、A. angusta MK-1株、G. acidiurici strain 9a株、G. purinilyticaの3種のみが単離培養されているにすぎず、本研究で明らかにしたSANA株の全ゲノム配列はGottschalkia属の系統学的位置を明らかにするために重要な情報となります。SANA株の環状ゲノム配列(*1)の長さは3.49 Mbp(*2)であり、3,275個のタンパク質をコードする遺伝子を有していることが推定されました。
Gottschalkiaceae科 SANA株の再構築された環状ゲノムと遺伝子マップ
今後の展開
SANA株とGottschalkia属に近縁な3種の細菌との違いをゲノムレベルで比較し、Gottschalkia属の系統学的位置を明らかにするための研究を推進します。推定された3,275個の遺伝子がどのようなタンパク質をコードするのかを明らかにすることで、SANA株がどのような代謝機能を有しているのかを推定することが可能となります。培養条件と遺伝子発現の関係を比較解析することで、SANA株とヘテロロボサとの間の相互作用を明らかにすることが可能となり、嫌気環境中での原生生物と細菌の共生機構に関する研究を推進する予定です。
謝辞
本研究は、日本学術振興会科学研究費補助金(科研費)(Grant Number 19K06212)のサポートを得て行いました。
用語解説
- 1 ゲノム配列は国際塩基配列データベースに登録・公開され、アクセッション番号AP028876で入手可能。
- 2 Mbpは100万塩基配列を表す。
掲載論文
【題 名】 Whole-Genome Sequence of the Strictly Anaerobic Bacterial Strain SANA belonging to the Family Gottschalkiaceae, Isolated from a Xenic Culture of an Anaerobic Protist (絶対嫌気性原生成物の細菌共生培養から単離されたGottschalkiaceae科の絶対嫌気細菌株SANAの全ゲノム配列)
【著者名】 R. Kondo, T. Kataoka
【掲載誌】 Microbiology Resource Announcements 2024(2024年5月20日掲載)
Contact このページのお問い合わせ先
- 福井県立大学
- 〒910-1195 福井県永平寺町松岡兼定島4-1-1
TEL : 0776-61-6000 FAX : 0776-61-6011
E-mail : so-kikaku@fpu.ac.jp